جمعیت هیات های موتلفه اسلامی در پی دعوت امام خمینی از گروه ها و هیات های مذهبی نواحی مرکزی و جنوبی تهران برای تشکیل یک گروه یکپارچه در سال ۱۳۴۲ تاسیس شد. تفکر و منش این گروه سیاسی متاثر از فداییان اسلام بود که پس از کودتای ۲۸ مرداد توسط حکومت سرکوب شده بودند. پس از کودتای ۲۸ مرداد مذهبی های سنتی در سه گروه مختلف “گروه جبهه مسلمانان آزاده( مسجد امین الدوله)”، “گروه مسجد شیخ علی” و “گروه اصفهانی های مقیم مرکز” به صورت مجزا به فعالیت های سیاسی، مبارزاتی و مذهبی می پرداختند.
پس از تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی و به ویژه پس از واقعه مدرسه فیضیه سال ۱۳۴۲، امام خمینی سه گروه مذکور را گرد هم جمع کرد و از آنها خواست با یکدیگر همراه شوند و با هم فعالیت کنند. بنابراین “جمعیت هیات های موتلفه اسلامی” متاثر از جمله امام مبنی بر اینکه ” حالا که شما مسلمانید و فعال، بیایید با هم کار کنید و موتلف شوید” در اردیبهشت ۱۳۴۲ شکل گرفت. پس از آن به درخواست اعضای حزب امام خمینی نمایندگانی را به عنوان شورای روحانیت موتلفه اسلامی معرفی کرد که عبارت بودند از سید محمد بهشتی، مرتضی مطهری، محی الدین انواری و احمد مولایی. اوج فعالیت های این حزب پیش از انقلاب در سال های ۱۳۴۲-۱۳۴۳ و پیش از ترور حسنعلی منصور بود. پس از آن موتلفه به علت سرکوب سیاسی و دستگیری عمده اعضای برجسته آن توسط ساواک در بهمن ماه ۱۳۴۴ وارد دوره رکود شد.
آنها دوباره در سال ۱۳۵۶ و شکل گیری مبارزات انقلابی فعالیت خود را مجددا و در همکاری نزدیک با قشر روحانیون از سر گرفتند و در آن دوران علاوه بر فعالیت های سیاسی به فعالیت های اجتماعی و اقتصادی همچون تاسیس نهادها و موسسه های خیریه، مدارس اسلامی و صندوق های قرض الحسنه کاریابی و صدقات به عنوان پشتوانه ای اقتصادی برای انقلابیون مذهبی پرداختند. هدف اصلی این حزب در آن دوران بر تشکیل حکومت اسلامی به رهبری فقیه عادل متمرکز بود و به همین دلیل فعالیت های خود را در ماه های نزدیک به انقلاب در قالب حزب جمهوری اسلامی ادامه داد و تا زمان انحلال آن در سال ۱۳۶۵ به عنوان عضوی از حزب جمهوری اسلامی محسوب می شد و تعدادی از اعضای شورای مرکزی آن را شکل می داد. پس از آن موتلفه اسلامی توانست با کسب اجازه از امام خمینی به عنوان یک حزب مستقل راست سنتی به فعالیت خود ادامه دهد.
آنها در سال های بعد از انقلاب و به ویژه پس از کناره گیری دولت موقت نقش مهمی در عرصه سیاسی ایران بازی کردند. از جمله آنکه “علی اکبر پرورش” و “حبیب الله عسگر اولادی” وزرای دولت رجایی و اسدالله لاجوردی دادستان و رییس زندان ها بودند و موتلفه در کمیته های انقلاب، کمیته امداد، بنیاد مستضعفان حضور فعال داشت. آنها به لحاظ سیاسی دولت گرا اما از نظر اقتصادی مخالف کنترل دولت بر امور اقتصادی و بازار بودند. در سال ۱۳۶۹ جمعیت موتلفه توانست پروانه فعالیت به عنوان حزب رسمی را دریافت کند و حبیب الله عسگر اولادی به عنوان دبیرکلی این حزب تعیین شد. آنها در سال ۱۳۸۲ و در پی برخی از دگرگونی های ساختاری تشکیلاتی و استعفای حبیب الله عسگر اولادی، نام خود از “جمعیت هیات های موتلفه اسلامی” به “حزب موتلفه اسلامی” تغییر دادند.
از آنجا که نفوذ و قدرت موتلفه اسلامی از آغاز دهه هفتاد و تغییر فضای سیاسی کشور رو به افول نهاد، این حزب پس از آن بیشتر نقش خود را به عنوان حزبی انتخاباتی در عرصه سیاسی حفظ کرده است. آنها در انتخابات های ریاست جمهوری به ترتیب از جلال الدین فارسی در سال ۱۳۵۸، محمدعلی رجایی در مردادماه سال ۱۳۶۰، سیدعلی اکبر پرورش و حسن غفوری فرد در مهرماه ۱۳۶۰، عسگرالله اولادی در سال ۱۳۶۴، اکبرهاشمی رفسنجانی در سال ۱۳۶۸، احمد توکلی و عبدالله جاسبی در سال ۱۳۷۲، علی اکبر ناطق نوری در سال ۱۳۷۶، حسن غفوری فرد در سال ۱۳۸۰، علی لاریجانی در سال ۱۳۸۴، محمود احمدی نژاد در سال ۱۳۸۸ و علی اکبر ولایتی در سال ۱۳۹۲حمایت کردند. مهم ترین حضور حزب موتلفه اسلامی در انتخابات ریاست جمهوری در انتخابات سال ۱۳۹۶ بود که “مصطفی میرسلیم” رییس شورای مرکزی حزب به عنوان کاندید ریاست جمهوری وارد عرصه انتخابات شد. با این حال در آستانه انتخابات حزب موتلفه “ابراهیم رییسی” را به عنوان کاندید اصلی مورد پشتیبانی قرار داد.
ارکان حزب موتلفه سلامی عبارت اند از هیات موسس و نظارت، مجمع عمومی، شورای مرکزی و دبیرکل. مجمع عمومی هر سه سال یکبار شکل می گیرد و طی آن اعضای شورای مرکزی حزب که شامل ۳۰ عضو اصلی و ۵ عضو علی البدل است را انتخاب می کنند. دبیر کل این حزب تا سال ۱۳۸۲ حبیب الله عسگر اولادی بود و پس از آن در سال ۱۳۸۳ محمدنبی حبیبی به عنوان دبیرکل این حزب برگزیده شد. اسدالله بادامچیان که در دوران دبیرکلی حبیبی رییس شورای مرکزی موتلفه اسلامی بود، پس از او در سال ۱۳۹۷ به دبیر کلی این حزب انتخاب شد. در حال حاضر مصطفی میرسلیم ریاست شورای مرکزی موتلفه را برعهده دارد.
اهداف حزب موتلفه اسلامی بر اساس مرامنامه آن شامل مواردی چون انجام وظیفه و ادای تکلیف شرعی و دوری از هرگونه ناخالصی و شرک های آشکار و پنهان، تبعیت از رهنمودهای امام خمینی و به طور کلی ولی فقیه به عنوان بهترین معیار و راهنما، تشکیل جامعه اسلامی نمونه و پاسداری از ارزش ها، انقلاب اسلامی و راه امام خمینی در ایجاد امت بزرگ و سعادتمند اسلامی است.