مجمع روحانیون مبارز از تشکلهای مطرح سیاسی مذهبی در ایران است که از گروههای اصلاحطلب و چپگرای مذهبی بهشمار میرود. این تشکل با انشعاب از جامعه روحانیت مبارز و با موافقت روحالله خمینی در سال ۱۳۶۶ تشکیل شد. رهبری آن را از ابتدا تا سال ١٣٨٨ مهدی کروبی بر عهده داشت. پس از کنارهگیری کروبی، محمد خاتمی به سمت رئیس شورای سیاستگذاری و محمد موسوی خوئینی به سمت دبیر مجمع روحانیون انتخاب شد.
مجمع روحانیون مبارز در سال ۱۳۶۶ و در آستانه انتخابات مجلس سوم با انشعاب روحانیون چپگرا به رهبری مهدی کروبی و محمد موسوی خوئینیها از جامعه روحانیت مبارز تأسیس شد. انشعاب از جامعه روحانیت با تأیید کتبی سید روحالله خمینی صورت گرفت و این تشکل پیروزی گستردهای در انتخابات مجلس سوم داشت. حذف محمود دعایی و فخرالدین حجازی از فهرست انتخاباتی جامعه روحانیت مبارز برای انتخابات مجلس سوم یکی از عواملی بود که زمینه ساز انشعاب روحانیون چپ گرای طرفدار دولت موسوی در جامعه روحانیت مبارز شد. مهدی کروبی که رهبری جریان اقلیت را برعهده داشت آن را به این معنا گرفته بود که جامعه روحانیت از مسیر اصلی خود که حمایت از انقلاب و انقلابیون اصیل است دست برداشته و کسانی را که سابقه چندانی در انقلاب ندارند، بر کسانی که کاملاً سابقه دارند ترجیح میدهد.
آیت الله خمینی در فروردین ۱۳۶۷ در این مورد نوشت: «انشعاب از تشکیلاتی برای اظهار عقیده مستقل، و ایجاد تشکیلات جدید، به معنای اختلاف نیست. اختلاف در آن موقعی است که خدای ناکرده هرکس برای پیشبرد نظرات خودبه دیگری پرخاش کند که بحمدالله، با شناختی که من از روحانیون دست اندرکار انقلاب دارم، چنین کاری صورت نخواهد گرفت. من به شما و همه کسانی که دلشان برای اسلام عزیز میتپد دعا میکنم، و توفیق آقایان را از خداوند متعال خواستارم.»
اولین شورای مرکزی مجمع به دبیرکلی مهدی کروبی و عضویت محمد موسوی خوئینیها، محمدرضا توسلی، حسن صانعی، امام جمارانی، حیدرعلی جلالی، سید محمد خاتمی، رسول منتجبنیا، اسدالله بیات، سید محمد هاشمی، محمدعلی انصاری، صادق خلخالی، محمد صدوقی، محمدعلی رحمانی، سراجالدین موسوی، عبدالواحد موسوی لاری، علیاکبر آشتیانی، ناصر قوامی، محمدعلی نظامزاده، محمدعلی ابطحی، هادی غفاری، اسدالله کیان ارثی، سید حمید روحانی، محمود دعایی، سید تقی درچهای و عیسی ولایی تشکیل شد.