سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که حاصل وحدت هفت گروه سیاسی انقلابی بود، در تیرماه سال ۱۳۵۸ تاسیس شد. هیئت اصلی و مشهور تشکیل دهنده سازمان شامل افرادی چون بهزاد نبوی، مرتضی الویری، محسن رضایی، ذوالقدر، حسین فدائی، محسن مخملباف، محسن مخملباف، محمد بروجردی، محسن آرمین، محمد سلامتی، هاشم آغاجری، سیدمصطفی تاج زاده و محسن سازگار بود که پیش از تاسیس سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی عضو گروه های ۷ گانه ” منصورون”، ” امت واحده”، ” موحدین”، ” فلاح”، ” بدر”، “توحیدی صف”، ” توحیدی خلق” بودند. این گروه ها نقش مهمی در مبارزات پیش از انقلاب به ویژه اقدامات مسلحانه علیه رژیم پهلوی بازی کردند.
سازمان در دوره اول فعالیت خود که با فضای سیاسی اولیه پس از انقلاب هم زمان بود؛ در شمار قابل توجهی از رویدادها و امور از جمله تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و کمیته مرکزی انقلاب اسلامی، جریانات کردستان و مبارزه با گروهک فرقان نقش موثری بازی کرد. پس از فروکش کردن فضای انقلابی به مرور اختلاف هایی در بین اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایجاد شد. در پی گسترش اختلافات امام خمینی دو نماینده ( مرتضی مطهری به عنوان مسئول مسائل سیاسی و آیت الله حسین راستی کاشانی به عنوان مسئول امور فقهی) برای حضور در سازمان و حل و فصل اختلاف ها معین کرد.
مدتی پس از شهادت مرتضی مطهری، بین راستی کاشانی و جناح چپ سازمان درباره امور و مسائل اقتصادی تضاد آراء شکل گرفت. با اوج گیری اختلافات امام خمینی اعلام کرد که کسانی که با راستی کاشانی اختلاف دارند از سازمان جدا شوند و پس از آن ۳۷ نفر از کادرهای رده بالا در سال ۱۳۶۱ از سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی کناره گرفتند. تعداد افراد محدود باقی مانده در سازمان پس از آن از جانب افرادی که جدا شده و عموما حامیان و فعالان دولت میرحسین موسوی بودند به راست بودن، مخالف دولت بودن و تحجر متهم می شدند. فعالیت های سازمان در اثر این انشعاب به مرور رو به افول نهاد تا اینکه در مهرماه سال ۱۳۶۵ راستی کاشانی با ارائه استعفانامه خود از امام خمینی خواست که با انحلال سازمان موافقت کند. با موافقت امام خمینی، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در مهرماه ۱۳۶۵ منحل شد.
دوره دوم فعالیت سازمان توسط اعضای جناح چپ آن و به رهبری محمد سلامتیان آغاز گردید. این گروه که عمدتا از اعضای مستعفی سال ۱۳۶۱ بودند؛ توانستند برای فعالیت دوباره سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی با نام “سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران” مجوز کسب کنند. اعضای اولیه سازمان در این دوران و پس از آن به سه دسته تقسیم شده بودند: گروهی مانند “محمدباقر ذوالقدر” و “احمد توکلی” که به اصول گرایان پیوستند، گروه دوم شامل افرادی مانند “مرتضی الویری” بود که در شمار جناح میانه و اعضای حزب کارگزاران سازندگی جای گرفتند و گروه سوم افرادی مانند “بهزاد نبوی”، “محمد سلامتیان”، “سعید حجاریان”، “محسن تاج زاده” و “محسن آرمین” بودند که به صف اصلاح طلبان پیوستند.
گروه سوم که موسسان اصلی دوره دوم سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی بودند پیش از تاسیس دوباره سازمان و پس از آن یکی از مهم ترین منتقدان سیاست های اقتصادی دولت سازندگی بودند. در واقع سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی همچون دیگر گروه های چپ خط امام که در سال های رهبری امام خمینی صاحب قدرت بودند؛ در سال های پس از آن به منتقد شرایط و سیاست های حاکم تبدیل شدند و به مرور تغییرات قابل توجهی در گرایش چپ سنتی و ایدئولوژی خود ایجاد کردند. در نتیجه در انتخابات ۱۳۷۶ سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نیز در کنار دیگر چپ های سنتی به عنوان حامیان دولت محمد خاتمی در کارزار انتخابات حضور یافتند و پس از شکل گیری دولت محمد خاتمی تحت عنوان گروهی اصلاح طلب به فعالیت در عرصه سیاسی کشور پرداختند. این گروه پس از جریانات سال ۱۳۸۸ و اعتراض به انتخابات با توقیف پروانه و ممنوعیت فعالیت سازمان از طرف دادگاه انقلاب اسلامی در داخل کشور مواجه شدند.